据四川有关部门调查，德阳市在土地流转过程中陆续出现了一些比较突出的问题。
例如，41 791起土地流转案例中，签订规范合同的仅4223起，占10.1％；签订不规范合同的3137起，占7.2％；不签合同的34 431起，占82.7％。一些没有签订土地流转合同或合同内容不完善，特别是租金约定不合理的，流出方或流入方常常受到利益驱动单方面毁约，引起矛盾和纠纷。
又如，一些承租方在租赁农地后，擅自改变土地性质，开矿、建厂甚至用于房地产开发，成为建设用地。这种流转被称作“黑色流转”，对保护耕地危害较大。
再有，土地流转规模不大，土地集中连片困难，难以形成规模化、集约化生产。许多企业或业主在农村租赁土地都希望能够集中连片，便于实施机械化耕种。但由于不同农户之间利益目标不一致，常常导致较大规模的土地流转因个别农户不同意而难以成功。
参考文献1 《中国共产党第十七届中央委员会第三次全体会议决议》摘录：
必须统筹城乡经济社会发展，始终把着力构建新型工农、城乡关系作为加快推进现代化的重大战略。统筹工业化、城镇化、农业现代化建设，加快建立健全以工促农、以城带乡长效机制，调整国民收入分配格局，巩固和完善强农惠农政策，把国家基础设施建设和社会事业发展重点放在农村，推进城乡基本公共服务均等化，实现城乡、区域协调发展，使广大农民平等参与现代化进程，共享改革发展成果。
参考文献2 《中共中央国务院关于2009年促进农业稳定发展农民持续增收的若干意见》（简称“2009年中央一号文件”）摘录：
土地承包经营权流转，不得改变土地集体所有性质，不得改变土地用途，不得损害农民土地承包权益。坚持依法自愿有偿原则，尊重农民的土地主体地位。任何组织和个人不得强迫流转，也不能妨碍自主流转。按照完善管理、加强服务的要求，规范土地承包经营权流转。
